身内に家購入資金を貸します。

にこたんさん、こんばんは

東京の税理士で平と申します。

ご確認しなければならない点がいくつかありますね。

まず、ご両親とお兄様の共同名義となっている二世帯住宅の持分割合がどうなっているのか、という点です。
お兄様の持分はお兄様の分ということになりますので、ローンの支払いをしていないとしても売れた場合には、当然、持分に応じて、譲渡所得が課されてきます。

ただ、心配なのは、ローン負担をされていないとのことですので、金額によっては税務調査の際、お父様が負担されていたお兄様の分のローン負担が贈与とされてしまう可能性が捨てきれないことですね。同居後にあなたが負担されるローン負担についても、今の名義のままでは同様の危険がありますのでご注意ください。

土地を1000万円で売却されるようですが、その際には、その土地の取得費を証明する何らかの書類が必要になります。譲渡所得の申告にコピーを添付して提出する必要がありますので、必ず用意して下さい。もし残っていないとすれば、譲渡費用として認定される取得費は売却価額の5%つまり、50万円しか認めてくれず、950万円の利益に対して譲渡所得が課されてきます。

また、お兄様の持分はお兄様の取分ですので、ご両親からお兄様に贈与される金額は、ご両親の持分の金額になります。年額で110万円を超える場合には、贈与税が課されてきますので、相続時精算課税を選択されて、生前贈与における贈与税納税猶予制度を使われることも検討すべきでしょう。
ご両親それぞれから1500万円まで(選択後の贈与の総額で)であれば、贈与税を猶予し、相続発生時に相続財産の中に加えて相続税を計算しますよという制度です。財産が多くない方(にこたんさんの場合には、お二人兄弟でしょうか。そうすると、基礎控除5000万円に、相続人数×1000万円の控除がありますから、相続財産が7000万円以内であれば、相続税がかからず、贈与税もチャラになりますよ。)