デザイナーの残業時間について

私は、社員数10名未満のデザイン事務所の経営をしております。

同程度の作業でもデザイナーの能力によって必要な時間が違うので、能力の低い従業員ほど給与が多い状況が生まれています。もともと基本給が高くないので、従業員別にそれほど給与差をつけることができません。残業代についてどのような支給方法が良いか労務規定を検討しています。

専門業務型裁量労働制などの方法があることを書籍を通じて知りましたが、従業員の仕事に対して指示をしないで要望に沿う仕事をしてもらうということが可能なのか不安を感じております。

当社のようなデザイナーを雇用している企業にとってどのような制度が適切かご教授いただけますでしょうか。